工作流指南 / 经典分子动力学

经典分子动力学操作说明

从账户、项目和结构开始,逐步完成经典分子动力学方案配置。每一步都说明要做什么、完成后应看到什么,以及遇到问题时如何处理。

当前能力范围: 目前仅开放经典分子动力学项目工作流。量子化学、第一性原理、机器学习势与主动学习仍在建设中,不提供在线提交入口。
入口 01

进入项目工作区

登录后查看已有项目,或从空白项目开始新的研究。

打开项目工作区 →
入口 02

管理可复用结构

绘制、导入并管理后续项目都可以使用的分子与材料结构。

打开结构库 →
入口 03

确认支持范围

在选择工作流前,先确认当前可用能力和仍在建设的方向。

查看计算能力 →
01

创建账户与登录

使用用户名或注册邮箱登录。新用户完成注册后,还需要按邮件提示完成邮箱验证。

  • 登录页需要填写用户名或邮箱、密码和当前图形验证码。
  • 验证码看不清时点击图片刷新;验证码仅供当次登录使用。
  • 登录成功后进入项目工作区,不需要重复选择“开发版”或“全量版”。
完成标志:可以看到自己的项目列表和“新建科研项目”入口。
02

新建科研项目

项目用于集中管理研究目标、结构、工作流和结果。创建项目不会自动提交任何计算。

  • 填写清晰的项目名称和研究目标,便于后续查找与协作。
  • 进入项目后,在工作流中心选择“经典分子动力学”。
  • 量子化学、第一性原理等未开放工作流会显示“即将上线”,不能点击提交。
完成标志:项目页显示工作流阶段导航,并停留在结构准备阶段。
03

明确研究体系

先说明研究对象、组成、环境条件和希望回答的问题,再进入结构与参数准备。

  • 记录体系类型、主要组分、浓度或配比,以及周期性等边界要求。
  • 写明需要观察的性质,例如扩散、结构演化、吸附或热力学行为。
  • 对尚不确定的条件保留说明,不用虚构数值来通过后续步骤。
完成标志:项目研究计划中能够清楚看到研究对象、条件和目标。
04

创建或导入结构

可以从结构库选择已有结构,也可以绘制分子、导入支持的分子文件或输入材料坐标。

  • 保存前检查元素、连接关系、周期边界和结构名称。
  • 结构库中的内容可以被不同项目复用,不必为每个项目重复上传。
  • 系统保留结构修改记录;新修改不会覆盖已有历史版本。
完成标志:项目结构准备页列出本次研究实际使用的组分和结构版本。
05

配置力场与原子电荷

为每个组分选择与研究对象和目标引擎兼容的参数方案,再检查键合项、电荷与交叉相互作用。

  • 先确认目标计算引擎,再查看系统给出的兼容候选。
  • 只有经过审核且适用范围匹配的力场才能进入候选。
  • 推荐方案仍需用户确认;“已保存”不等于已经生成全部原子级参数。
完成标志:所有组分都有明确方案,页面不再提示缺少必须参数。
06

构建模拟体系

确认各组分数量、盒子尺寸和周期边界,并由受控的体系构建步骤生成模拟初始结构。

  • 核对各组分的结构版本和数量,不要让无关的结构进入当前项目。
  • 检查盒子尺寸、密度目标和最小原子间距是否合理。
  • 体系生成后查看组分统计和空间分布,再确认进入模拟方案设置。
完成标志:体系摘要与预期配比一致,并保存了可追溯的体系版本。
07

设置模拟方案

根据研究目标设置体系构建、最小化、平衡、生产模拟和输出频率等条件。

  • 确认温度、压力、时间步长、边界条件和模拟总时长。
  • 不要只依赖默认值;每项设置都应与研究对象和力场要求一致。
  • 保存只记录当前方案,不会自动提交任务或产生费用。
完成标志:模拟方案摘要能够完整说明各阶段条件和预期输出。
08

提交前检查

在提交计算前,系统会检查结构、参数、方案和运行输入是否满足当前工作流要求。

  • 逐条处理阻断问题;警告项需要理解影响后再决定是否继续。
  • 核对输入摘要、资源需求与费用信息,未明确的信息不得视为已确认。
  • 只有最终提交按钮会创建运行任务,前面的保存操作不会执行计算。
完成标志:检查结果明确显示是否可以提交,并保留所用输入版本。
09

确认资源并运行计算

在运行入口核对资源、预计用量和输入快照,明确确认后才创建真实计算任务。

  • 确认账户当前确实具有可用计算资源;未开放时页面应明确阻止提交。
  • 检查 CPU/GPU、预计时长、费用和输出保留设置。
  • 任务创建后保存运行编号,不要因排队而重复提交同一方案。
完成标志:项目内出现具有明确状态和输入来源的运行记录。
10

检查轨迹质量

计算完成后先检查轨迹和热力学量是否可靠,再进行扩散、结构或其他科学分析。

  • 检查温度、压力、能量和密度的变化,识别漂移、异常跳变或未平衡阶段。
  • 确认轨迹帧、周期边界和采样区间满足后续分析要求。
  • 质量检查未通过时记录原因,不把异常轨迹发布为可信结果。
完成标志:轨迹质量结论有对应运行和检查证据,异常项已明确处理。
11

查看与导出分析结果

轨迹检查通过后,从项目结果页查看实际生成的分析内容和可下载文件。

  • 只使用当前运行实际生成的轨迹、图表和指标,不把页面示意值当作科研结果。
  • 核对分析方法、采样区间、单位和与研究目标相关的指标。
  • 下载结果时保留输入版本、软件版本和运行记录,便于复现。
完成标志:结果页能对应到本次运行、输入版本和实际生成的文件。

常见问题

为什么某个工作流不能点击?

标记“即将上线”的工作流尚未完成真实适配和验证,因此不会提供提交入口。

保存方案会产生费用吗?

不会。保存只记录配置;只有在检查通过后明确提交运行,才会进入资源与费用确认。

结构为什么放在结构库?

结构库保存可复用的结构和版本,后续不同项目可以选择同一结构而无需重复导入。

页面或接口出现错误怎么办?

先保留页面提示与发生步骤,再从首页“联系我们”整理咨询内容;请勿附带密码或密钥。